Stanislav Vavřínek patří k předním českým dirigentům. Po absolutoriu Konzervatoře Brno (flétna a dirigování) vystudoval obor dirigování na pražské AMU a poté absolvoval mistrovské kurzy Roberta Benziho ve Švýcarsku, které uzavřel koncertem s Bielskou filharmonií. V letech 1994–1998 byl hlavním dirigentem Pražského studentského orchestru, který pod jeho vedením získal řadu ocenění. V roce 1998 dirigoval Mezinárodní mládežnický orchestr na závěrečném festivalovém koncertě v japonské Shizuoce.
Jako host spolupracoval s více než třiceti symfonickými i komorními orchestry, jako např. Česká filharmonie, Filharmonie Brno, Pražská komorní filharmonie, Symfonický orchestr hl. m. Prahy FOK, Slovenská filharmonie, Hamburger Symphoniker, Gdaňská filharmonie a další. Dirigoval v Německu, Rakousku, Belgii, Švýcarsku, Polsku, Španělsku či Japonsku. Spolupracoval také s řadou vynikajících sólistů a vystoupil na řadě významných festivalů, např. MHF Shizuoka, MHF duchovní hudby Brno, MHF Pražský podzim či MHF Pražské jaro. Natočil devět CD s díly Mozarta, Haydna, Dvořáka, Čajkovského, Sternwalda, Bartóka, Šostakoviče a dalších.
V letech 1999 a 2008 byl šéfdirigentem Jihočeské komorní filharmonie v Českých Budějovicích. Poté nastoupil do stejné funkce ve Filharmonii Bohuslava Martinů ve Zlíně, kterou vykonával do roku 2015. Od roku 2018 je šéfdirigent Komorní filharmonie Pardubice. Je vítaným hostem u řady orchestrů doma i v zahraničí při realizaci nejen koncertů, ale i mimořádných významných produkcí.
V letech 2006–2010 působil jako pedagog na dirigentské katedře pražské Akademie múzických umění.